因下班刷卡不確實被記錄早退而扣薪資 - 法律

事實經過：
前公司(我八月底離職)因我下班未確實刷卡，導致我有五天的早退紀錄，
而扣除我一整日事假的薪資。五天的錯誤早退紀錄加總起來剛好是八小時。
(辦公室出入門禁刷卡機即是上下班刷卡機，當日的首次刷卡為上班刷卡；
最後一次刷卡則會下班刷卡。但沒有辦法明確證明是否是刷卡系統問題
或是我本人下班忘記刷卡)

與人事爭論後，人事很強硬的說我來公司這麼久也都知道刷卡記錄有異常要提出更正，
是你自己沒提出的；並以以下兩點回絕我希望補救的請求：
1. 當每月月底薪資計算前仍未請假或經主管核銷者，一律以事假方式扣薪。
(公司的”出勤與休假管理辦法”的確有明訂)
2. 每位員工應於每日或月底上公司系統確認自己是否有刷卡的異常，
只要薪資結算前有提出申請，一律接受更正。

基於理我可能站不住腳；但基於情我請前公司網開一面讓我補救，仍遭到回絕。
我的理由如下：
1. 每個人工作性質不同，不是每個人都記得提醒自己月底或天天需上系統
確認刷卡紀錄是否有異常或自己有無漏刷卡的情況。
2. 8/28離職當日即已申請將自己上系統的權限作廢，
故如我8/28日刷卡有異常，亦無法得知。(8/31請特休)
3. 紀錄為早退的這五天，個人確實於規定的下班時間後才離開公司，
信件證明(發信IP)及人證皆可提供。
但因疏忽而平白扣除一整日的薪資，覺得很不平。

問題：
前公司是否有違法之實？
不知道是否有相關法令條文可以支持我？
如可以，但如與公司規章相牴觸時，該以何者優先？(因我違反公司規章在先)


先感謝各位幫小弟解惑或提出建議，如內容尚有不足，盼請提出需補充之處。




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