學校另訂規則問題騎機車 - 交通法規

我是一個高三生
最近因為學校的車證問題
很煩惱，內容有點長，麻煩一下...
我不騎快車，不違反交通法規，但我對學校另訂的規則，有很大的疑點，以及不滿。
校方要求騎機車的人
要停校內停車格
就要去申請車證
並且要宣示一些...校內另定的條文
例如不能雙載，不能遲到..等
但
他們就會依照這個來威脅我
我最初問教官，為什麼不能遲到
他說
怕你用趕得，會飆車
我也幾乎不遲到
就有一天真的是睡過頭...
遲到了10分鐘
他就拿車證來威脅我
還說:不是怕你騎快車，是怕因為騎車比腳踏車快，就晚出門，這樣是不允許的。
我說:我之前是家長接送是座車，騎車絕對比較慢，我比平常甚至早20分鐘出門
他說:反正你就是遲到，下次再遲到就是沒收車證
這樣一來，校內另訂的規則裡
遲到要沒收車證，理由在哪?
再來
我因為順路在同學一起上學，被教官抓到
這我承認是我的錯
因為學校的怪規定有規定不能雙載
(還記得考駕照的時候有說.可以乘載1人，不知道為什麼學校有這規定
現在
我因為雙載的問題
他要我寫保證書
可我沒辦法保證我不確定的事情
我不想要因為寫了保證書
又拿了個把餅在他們手上
我寧可退回車證，自己停在校外
現在問題來了
教官卻說：沒有車證，不能騎車，沒有學校的車證，騎車被抓到就是記小過
保證書寫的誠懇一點，再來就是看運氣囉，看組長要不要原諒你，要不要讓你繼續騎。
我的疑問在於，他們憑甚麼要我們有他們的車證，才能騎車?
我沒有庭在學校裡面，我也不雙載，就我自己騎，為什麼不能?
我想問各位
這樣子合理嗎?
有沒有甚麼管道可以申訴?
有沒有辦法是不需要這種車證，也能在路上騎車呢?
若是被發現因為沒有學校的車證，要被記過，我該如何去應對?

已更新項目:
車證方面
他是一張紙
沒有說是跟人還是跟車
在申請的時候也是給他行照駕照影本
(應該只是確認你有車、可以騎車而已)
雖是停在校外，可都有停車格阿
(不是去插人家騎樓還怎樣
那如果被記過
要如何應對呢?
因為畢竟這不合理
要如何申訴呢
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更正
有些是沒有停車格
但就是會有一堆摩托車停在那裏的位置
3 個已更新項目:
遲到被記，不合理
沒有"車證"騎車也會被記兩小過，不合理
尤其後者