住家被遷入一個獨立戶籍 - 法律

最近因為賣房，代書去調閱戶籍資料
發現房子有兩個獨立戶籍。
打電話來詢問是否有親屬遷入或出租？

我跟太太莫名奇妙的
怎麼自己家被遷入一個獨立戶籍......

房屋是新房屋跟建商購買
屋主是我太太
當初過戶完拿到所有權狀，是我自己去戶政辦理戶籍。（我是獨立戶）

想請問前輩們
我們可以跟戶政調閱另一個戶籍的資料嗎？
（以屋主身分）
在屋主毫不知情的情況下，戶政允許第三者遷入成立戶籍嗎？
如果造成損失，自用住宅變非自用住宅
那這要怎麼申訴？

謝謝幫忙

補充說明：
房子一直是自住沒有出租，也沒有親戚朋友來借住過。
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