居住的祖厝有部分是違建 - 法律

各位法律先進大家好，我最近面臨到一些問題想請教。

我阿公阿嬤育有三男二女。
去年阿公先過世，之後我爸過世，當時阿公的遺產在全體同意後，都過戶給我阿嬤。今年阿嬤也過世了，遺留了一棟祖厝一塊農地，祖厝的地和鄰居共有，此建築其中一部分是違建。農地為獨立產權，但是可建面積已經併到祖厝，所以不能興建建築（這點待查）。

目前還在討論怎麼分財產的階段。由於我和我妹都在外地發展，不可能回去使用祖厝，所以我和我妹的持分會交由我弟使用。討論的時候是把我弟當我爸在討論。
目前傾向農地歸兩位姑姑，祖厝加建地歸兩位叔叔和我弟公同共有這個方案。

因為我弟想將祖厝的三分之一（大概是違建的區域）整修居住，想請問：

1. 要怎麼樣能保障居住？需要和其他共有人訂租賃契約嗎？如果有租賃契約，是否整修費用其他共有人也要分擔？
2. 如果此違建遭檢舉，會面臨被要求搬遷和拆除嗎？是否能要求搬遷費？需要先分割才能拆除嗎？
3. 由於農地可建面積已經申請了，蓋在祖厝的土地上，假使農地分給兩位姑姑，他們能要求拿回農舍可建造的面積嗎？
4. 請問這種分配方式是協議分割書寫清楚，辦理過戶就可以了嗎？

感謝各位的回答
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