網站程式被盜用 - 法律

請問，當公司發現自行開發的網站程式、CSS被盜用

也已備妥相關證據預備發函請對方關閉網站，

卻發現對方已把CSS裡曾出現敝公司名稱等相關重要證據都移除了

僅有的證據也僅能說明兩者網站與活動程式剛好相同、網站剛好長的一樣

在失去直接證據的情況下，是否還有其他方式能主張我方權益?

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*與開發網站的網路公司已簽訂著作權歸屬我方，網頁上也清楚載明版權所有

*據聞「數位內容的證據保留需出資請第三方公證才能成立」是否為真?

*並不打算進行民事或刑事訴訟，只需要對方提供合理解釋及道歉、將網站撤下

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